平素はMCCI電子証明書サービスをご利用頂き誠に有難う御座います。
Adobe Acrobat Readerで電子署名をした文書を検証した際に「少なくとも1つの署名に問題があります。」と表示されることがあります。
これはAcrobat Readerの仕様であり、正しく電子署名が行われている場合にも表示されることがあります。

この警告表示を消すためには、Acrobat Readerの設定を変更し、Windows証明書ストアのルート証明書を参照するようにする必要があります。
下記設定手順をご参照頂き、設定を行ってください。